章节

   内 容

7.21

第一天

生物信息学介绍 

生物信息学介绍与前沿技术动态

3900元/人

新物种基因组测序策略及基因组文章构成分析

1. 新物种的基因组测序的意义
2. 基因组从头测序技术路线
3. 数据获得与处理
4. 基因组基本分析

新物种基因组测序策略及基因组文章构成分析

1. 转录组基本分析
2. 基因组比较分析
3. 数据挖掘与生物功能

4、基因组文章构思的关键基本共识

微生物基因组学

1、微生物基因组研究概况

2. 微生物基因组的特点

3微生物基因组研究的意义

4. 原核生物转录组学研究
5. 单个基因组分析流程

6、泛基因组分析流程

宏基因组/宏转录组的应用

7.22

第二天

Linux命令简介

1. Linux背景介绍
2. 常用命令
3. 权限管理
4. 进程查看等

R语言基础以及ggplot2绘图

1. R语言基本介绍
2. R语言基本运算、向量函数
3. R语言数据读入以及导出
4. ggplot2基本绘图 （条形图、散点图、折线图等）

7.23

第三天

使用R语言进行生物信息学相关的分析

1、高通量测序RNA-seq数据的格式、质量值计算、优缺点

2、无参考基因组-数据拼接软件介绍

3、表达量计算软件介绍

上机操作实习：

（i）利用bioconductor包EdgeR进行差异基因分析

（ii）利用bioconductor包degeR进行差异基因分析

（iii）利用热图进行聚类分析

（iv）GO、KEGG等功能聚类分析及用perl语言实现

BioEdit、WEGO等常用生物软件介绍

7.24

第四天

生物信息学专业常用工具及绘图方法

1. 利用fastQC进行质量评估
2. BLAST简单介绍
3. 微生物基因组圈图（CGview, OGdraw）
4. 功能注释（KEGG（KAAS），Islandviewer，ARDB）
5. 进化树分析（模型评估，进化树构建，注释）MEGA
6. 泛基因组学分析（PanGP）

900元/人

生物信息学专业常用工具及绘图方法

1、Perl语言入门

2、基因组大小评估

3、基因组拼接质量评估

（i） N50统计

（ii） 根据比对结果统计深度和覆盖度

（iii）碱基GC含量等信息统计

4、基因结构预测结果展示和提取

（i）GFF文件介绍

（ii）GFF内容提取

5、使用circos绘制基因组圈图